La Hermandad fue fundada el 26 de marzo de 1943 por Juan Cerisola Rojas, Juan Caballero y Lama, Gregorio Requejo González, Juan Díaz de la Torre y Francisco Santos Solís, todos ellos militares y excombatientes de la Guerra Civil Española, en la Iglesia conventual de San Francisco de Huelva. Se realizaron las oportunas gestiones, para en ese mismo año bendecir una imagen de Ntrª Srª de la Paz, obra del cartayero Federico López Pereira, y realizar estación de penitencia ese Domingo de Ramos, en el paso del patrón San Sebastián y con un manto de la Esperanza Macarena.
Los estatutos definitivos no fueron aprobados hasta 1944, año en que se sustituye la primitiva imagen mariana por una nueva, realizada por el ayamontino Antonio León Ortega. En 1945 este mismo escultor realiza la talla del Cristo de la Victoria, completando el misterio entre 1952 y 1954 con los tres sayones.
Desde 1949 se incluye como cotitular a San Rafael Arcángel, postergado a partir de 1978 y recuperado en la renovación de 1990.
Debido a la demolición de la Iglesia de San Francisco, la corporación se ve obligada a trasladarse a la Parroquia de San Sebastián en 1960.
La construcción en 1980 de un edificio adyacente a la casa hermandad , provoca el derrumbamiento de la techumbre, produciendo graves daños en los enseres de la cofradía. Por ese motivo, el Domingo de Ramos de 1981 el Cristo de la Victoria debe procesionar en parihuelas. El paso procesional no quedará terminado hasta 1991.
En 1990 se solicita a su majestad el Rey conceda el título de "Real" a la cofradía, accediendo Don Juan Carlos I pues ya ostentaba el cargo de Hermano Mayor de Honor de la corporación desde 1976.
En 2011 la Hermandad adquiere el carácter de Sacramental.